Masaryk se narodil v Hodoníně, jeho otec byl kočí a matka pracovala jako kuchařka. Měl dva mladší bratry. Vystudoval univerzitu ve Vídni. Po vzniku české univerzity v Praze byl 1882 jmenován profesorem filosofie.
Poprvé byl zvolen poslancem Říšské rady v roce 1891 za mladočeskou stranu, ale po třech letech se kvůli sporům s vedením strany mandátu vzdal. Do Říšské rady se vrátil v roce 1907, tentokrát za Českou stranu lidovou – pokrokovou, později známou jako Realistická strana, kterou založil v roce 1900. Poslanecký mandát měl do roku 1914.
Po vypuknutí první světové války v roce 1914 Masaryk odjel do exilu. Když byl v Itálii, byl na něho ve vlasti vydán zatykač. Působil i ve Švýcarsku či Francii, kde spolupracoval s Milanem Rasislavem Štefánikem a Edvardem Benešem.
Zpráva o vzniku Československa 28. října 1918 a jeho zvolení prezidentem ho zastihla v USA. Do Prahy Masaryk přijel 21. prosince 1918.
Prezidentskou funkci obhájil i ve volbách v roce 1920, o sedm let později i ve třetí volbě v roce 1934. V prosinci 1935 ale Masaryk ze zdravotních důvodů abdikoval.
Masaryk se během studijního pobytu v Lipsku v roce 1877 seznámil s Američankou Charlotte Garrigueovou a o rok později se s ní v New Yorku oženil. V květnu 1879 se jim narodila dcera Alice, o rok později syn Herbert, roku 1886 další syn Jan, pozdější československý ministr zahraničí, a v květnu 1891 přišla na svět dcera Olga.
Tomáš Garrigue Masaryk zemřel 14. září 1937 a jeho pohřeb 21. září se stal národní manifestací. Pochován je na hřbitově v Lánech.
