Do Strany zelených vstoupil roku 2002, později se stal brněnským zastupitelem a členem výboru pro školství a kulturu. Od roku 2004 působil též jako poradce pro regionální rozvoj a evropské strukturální fondy skupiny Zelených v Evropském parlamentu. V červnu 2006 byl zvolen do Poslanecké sněmovny za Jihomoravský kraj, od prosince 2007 do poloviny roku 2009 zastával funkci ministra školství.
Vystudoval politologii a religionistiku na Masarykově univerzitě v Brně, coby student si přivydělával i jako zedník, mimo to také učil jazyky. Před vstupem do politiky pracoval Liška mimo jiné i jako horský průvodce, vedl různé nevládní organizace, předsedal například Česko-rakouskému fóru pro dialog. Pracoval v Nadaci Fórum 2000.
Přednášel na univerzitách, veřejných a odborných fórech v zahraničí, mimo jiné v Německu, Rakousku, Polsku, Indii, Malajsii, Japonsku, Číně, Filipínách, Kambodži a Jižní Koreji. Napsal knihu s názvem Církev v podzemí (vyšla roku 2000), která mapuje skryté aktivity katolické církve v českých zemích v době komunismu. Kniha byla v překladu vydána i v Německu.
Spoluzakládal nu-jazzovou kapelu Lesní zvěř. Mluví plynně anglicky a německy, domluví se i francouzsky, rusky a italsky a učí se i arabsky a hebrejsky. Ondřej Liška je ženatý a má dvě dcery.
