Zdeněk Troška pochází z jižních Čech. Do Hoštic, kde vyrůstal, zasadil i trojici komedií Slunce, seno... Střední školu absolvoval ve francouzském Dijonu na Carnotově lyceu. Byl jedním z posledních studentů z Československa, kteří zde absolvovali v sedmdesátých letech. Režii vystudoval na pražské FAMU.
Jako samostatný režisér debutoval v jedné z povídek ve filmu Jak rodí chlap v roce 1979, do povědomí se dostal o čtyři roky později s filmem Bota jménem Melichar. Největší popularitu získal trilogií Slunce, seno... nebo trojicí komedií Kameňák.
Jeho jméno je i v titulcích pod pohádkami O princezně Jasněnce a létajícím ševci, Princezna ze mlejna, Z pekla štěstí nebo Nejkrásnější hádanka. Režíroval i historická dramata, muzikál v pražském divadle Kalich nebo opery Don Carlos, Carmen či Rusalka.
Za své filmy získal řadu cen, například za Botu jménem Melichar ve Zlíně, za Poklad hraběte Chamaré v Montrealu či v Chicagu za pohádku O princezně Jasněnce.
Zdeněk Troška se otevřeně hlásí k homosexualitě. Toto téma se objevilo v jeho snímku Zkouškové období z roku 1989.
28. října 2017 ho prezident Miloš Zeman vyznamenal medailí Za zásluhy, za zásluhy o stát v oblasti umění
