V čele resortu vystřídal v září 2020 Adama Vojtěcha. V říjnu 2020 ho novináři Blesku nachytali s Jaroslavem Faltýnkem, jak jsou v blízkosti dalších osob bez roušek a jednají v restauraci, která má být podle nařízení vlády zavřená.
Premiér poté vyzval Prymulu k rezignaci. Ten nejprve rezignovat odmítl, ale později uvedl, že je připraven okamžitě rezignovat, ale musí tady být jeho nástupce. V říjnu 2020 ho pak na ministerském postu vystřídal Jan Blatný.
Po odchodu z ministerstva působil jako poradce premiéra Andreje Babiše pro zdravotnictví. V únoru 2021 ale s ním premiér ukončil spolupráci kvůli jeho účasti na fotbalovém zápase Evropské ligy.
V březnu 2021 se objevil na seznamu poradců prezidenta Miloše Zemana. Prezident již před tím avizoval, že by rád Prymulu přijal jako svého poradce na neplacené pozici.
Veřejnost Romana Prymulu více poznala po vypuknutí celosvětové epidemie nového typu koronaviru, kdy koordinoval na ministerstvu zdravotnictví kroky proti šíření této nemoci. Vedl krizový štáb, po dvou týdnech ho vystřídal ministr vnitra a předseda sociální demokracie Jan Hamáček. Prymula byl poté jmenován do čela Centrálního řídícího týmu covid-19. Ten měl na starosti projekt chytré karantény, přípravu nemocnic, otázku léků, laboratoří či zabezpečení lůžek.
Roman Prymula absolvoval v roce 1988 Lékařskou fakultu Univerzity Karlovy v Hradci Králové, později studoval na výzkumném a doškolovacím ústavu tehdejší královéhradecké Vojenské lékařské akademie Jana Evangelisty Purkyně. Získal mezinárodní atest v řízení nemocnic na Birminghamské univerzitě.
Nejdříve učil na katedře epidemiologie Vojenské lékařské akademie Jana Evangelisty Purkyně, byl prorektorem a mezi roky 2002 a 2004 rektorem akademie. Po změnách v systému českých vojenských vysokých škol působil v letech 2004 až 2009 v Hradci Králové jako děkan Fakulty vojenského zdravotnictví Univerzity obrany.
Od roku 2007 je profesorem v oboru hygieny, epidemiologie a preventivního lékařství. Působil také jako předseda České vakcinologické společnosti.
Mezi roky 2009 a 2016 byl ředitelem Fakultní nemocnice Hradec Králové. Jako šéf nemocnice prosazoval například stavbu kliniky tradiční čínské medicíny. Od září 2015 fungovalo v nemocnici Centrum tradiční čínské medicíny (TCM), které skončilo v únoru 2019.
Z čela královéhradecké nemocnice jej v červnu 2016 odvolal tehdejší ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček (ČSSD), podle informací tisku kvůli napojení na firmu Biovomed, která provádí klinický výzkum pro společnosti z celého světa. Firmu vlastnila Prymulova dcera.
Poté Prymula působil jako poradce ministra zdravotnictví Miloslava Ludvíka, který jej v březnu 2017 jmenoval náměstkem pro zdravotní péči. Na tomto postu skončil v květnu 2020.
Jako lékař se věnoval imunizaci, podílel se na vývoji či studiu vakcín proti pneumokoku, rotavirům, spalničkám, příušnicím, zarděnkám nebo lidským papilomavirům. Je také autorem publikací zaměřených například na očkování.
Prezident Miloš Zeman mu 28. října 2020 udělil za jeho činnost při potírání epidemie koronaviru nejvyšší státní vyznamenání, tedy Řád bílého lva.
Roman Prymula je ženatý, má dceru a syna.
