Po absolvování Právnické fakulty Univerzity Karlovy v Praze v roce 1971 opakovaně odmítla vstoupit do KSČ a do roku 1991 působila na okresní prokuratuře v Kladně.
Mezi roky 1999 až 2005 zastávala funkci nejvyšší státní zástupkyně. Spolu s funkcí ministryně spravedlnosti zastávala též post předsedkyně Legislativní rady vlády.
Benešová proslula svým výrokem o "justiční mafii", za kterou označila tehdejší nejvyšší státní zástupkyni Renátu Veseckou a další představitele, kteří se nějakým způsobem angažovali v kauze Jiřího Čunka.
V letech 2006 až 2010 působila ve stínové vládě jako stínová ministryně spravedlnosti. O rok později byla na sjezdu ČSSD zvolena místopředsedkyní strany, na dalším sjezdu však tuto pozici neobhájila.
Při prezidentské volbě v lednu 2013 podporovala Miloše Zemana navzdory tomu, že strana se postavila za Jiřího Dienstbiera.
V létě 2013, po pádu Nečasova kabinetu, se Benešová stala ministryní spravedlnosti ve vládě Jiřího Rusnoka. Od 13. srpna 2013 funkci vykonávala v demisi, 29. ledna 2014 od ní resort převzala Helena Válková z hnutí ANO.
V předčasných parlamentních volbách v roce 2013 se už jako nestraník na kandidátce ČSSD dostala díky preferenčním hlasům z pátého místa na první a byla zvolena poslankyní za Ústecký kraj. O čtyři roky později ve sněmovních volbách nekandidovala a svůj poslanecký mandát neobhajovala.
V dubnu 2019 se vrátila do čela ministerstva spravedlnosti poté, co po deseti měsících ve funkci oznámil Jan Kněžínek, že se rozhodl v čele resortu skončit. Ve funkci vydržela až do konce funkčního období vlády, tedy do prosince 2021.
